El Congreso de Investigación sobre el Tercer Sector tiene como misión “Impulsar la investigación especializada sobre el tercer sector para generar conocimiento que contribuya al fortalecimiento de la sociedad civil”.
El científico social reconoce esta complejidad y desarrolla investigaciones consecuentes con la innovación en las formas de organización, dentro de las cuales sin duda la temática de las redes ha cobrado gran importancia gracias al reconocimiento del impacto de la acción colectiva así como a la amplia gama de tecnologías de la información.
También es importante resaltar el papel del investigador no sólo como proveedor de análisis sino como agente de cambio e impulsor de estas nuevas formas de organización. Es por ello, que el XIV Congreso de Investigación sobre el Tercer Sector, el cual se desarrolla en el marco de la celebración de los 25 años del Centro Mexicano para la Filantropía y los 50 años de la Universidad Anáhuac, focaliza su temática principal en la innovación en las formas de organización y redes, tomando en cuenta que éstos fenómenos deben ser considerados tanto en la escala nacional como en la internacional.
Algunos de los objetivos más importantes son:
- Profundizar el conocimiento acerca de las diferentes características, relaciones y procesos de las OSC en distintas condiciones de desarrollo sociopolítico y socioeconómico.
- Delinear una tipología de las OSC y avanzar en el conocimiento comparado con otras regiones, a fin de proveer materiales para la cooperación, la promoción del desarrollo social sostenible y el fortalecimiento del sector.
- Aportar conocimiento que contribuye a dilucidar cuál es el papel del tercer sector frente a las problemáticas sociales, económicas y políticas actuales a nivel local, regional y global.
Con el fin de promover la investigación especializada del sector no lucrativo, en el año 2001 se crea el Seminario Anual de Investigación sobre el Tercer Sector. Esta iniciativa impulsada por el Cemefi, con el apoyo de instituciones académicas (nacionales e internacionales) e institutos públicos, está encaminada a generar información, metodologías y marcos teóricos acerca de la función social que desempeña la sociedad civil organizada, la participación ciudadana y los propios movimientos sociales. En el año 2008 el evento cambia a la categoría de Congreso por contar con la participación de académicos y expertos de otros países.
El Cemefi y las instituciones convocantes del Congreso buscan, a través de la generación de conocimiento, contribuir a la expansión y fortalecimiento de la cultura asociativa y la participación ciudadana en México.
Asimismo, para fortalecer este esfuerzo, a partir del año 2005 se otorga el Premio de Investigación sobre Sociedad Civil en el contexto del Congreso.
El Congreso de Investigación se ha llevado a cabo en las siguientes sedes:
- Universidad Nacional Autónoma de México (2001): Realidad y Perspectivas de la Investigación sobre Economía y el Tercer Sector
- El Colegio Mexiquense, A.C. (2002): Desarrollo y Tercer Sector
- Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México (2003): Participación, Institucionalidad y Capital Social
- Universidad Anáhuac (2004): Sociedad Civil en México: Identidad y Retos en un Entorno Global
- Universidad Iberoamericana, Ciudad de México (2005): Fortalecimiento de la Sociedad Civil en México: ¿Avance o Retroceso?
- Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora (2006): Participación Ciudadana y Sustentabilidad
- Universidad Autónoma Metropolitana (2007): Hacia una Cultura de Ciudadanía y Rendición de Cuentas
- Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Occidente (2008): Solidaridad y Gobernanza para el Cambio Social
- Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México (2009): Sociedad Civil y Cooperación Intersectorial: Los retos del Entorno
- Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (2010): Sociedad civil y ciudadanía en el cambio social
- Universidad de Guanajuato (2011): Los retos de la sociedad civil en la construcción del espacio público
- Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México (2012): Democracia y Participación Ciudadana
- Universidad del Valle de México, Campus Querétaro (2013): 25 años de Investigación sobre el Tercer Sector en México: avances y prospectiva
En este último encuentro se estructuraron veinte mesas de trabajo, se presentaron 8 pósters de investigación, una conferencia y dos paneles magistrales con especialistas nacionales e internacionales.
 e institutos públicos, está encaminada a generar información, metodologías y marcos teóricos acerca de la función social que desempeña la sociedad civil organizada, la participación ciudadana y los propios movimientos sociales. En el año 2008 el evento cambia a la categoría de Congreso por contar con la participación de académicos y expertos de otros países.){kind=link}