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Con el fin de promover la investigación especializada del sector no lucrativo, en el año 2001 se crea el Seminario Anual de Investigación sobre el Tercer Sector.
Esta iniciativa impulsada por el Cemefi, con el apoyo de instituciones académicas (nacionales e internacionales) e institutos públicos, está encaminada a generar información, metodologías y marcos teóricos acerca de la función social que desempeña la sociedad civil organizada, la participación ciudadana y los propios movimientos sociales. En el año 2008 el evento cambia a la categoría de Congreso por contar con la participación de académicos y expertos de otros países.
El Cemefi y las instituciones convocantes del Congreso buscan, a través de la generación de conocimiento, contribuir a la expansión y fortalecimiento de la cultura asociativa y la participación ciudadana en México.
Asimismo, para fortalecer este esfuerzo, a partir del año 2005 se otorga el Premio de Investigación sobre Sociedad Civil en el contexto del Congreso.
Los ejes temáticos del XIV Congreso Anual de Investigación sobre el Tercer Sector son:
- Nuevas formas de organización
- Redes de la sociedad civil en el ámbito local
- La sociedad civil en la agenda internacional
- La incidencia de la sociedad civil en lo público
- Responsabilidad Social, filantropía y voluntariado en México
- Otros temas de interés
El Congreso de Investigación se ha llevado a cabo en las siguientes sedes:
- Universidad Nacional Autónoma de México (2001): Realidad y Perspectivas de la Investigación sobre Economía y el Tercer Sector
- El Colegio Mexiquense, A.C. (2002): Desarrollo y Tercer Sector
- Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México (2003): Participación, Institucionalidad y Capital Social
- Universidad Anáhuac (2004): Sociedad Civil en México: Identidad y Retos en un Entorno Global
- Universidad Iberoamericana, Ciudad de México (2005): Fortalecimiento de la Sociedad Civil en México: ¿Avance o Retroceso?
- Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora (2006): Participación Ciudadana y Sustentabilidad
- Universidad Autónoma Metropolitana (2007): Hacia una Cultura de Ciudadanía y Rendición de Cuentas
- Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Occidente (2008): Solidaridad y Gobernanza para el Cambio Social
- Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México (2009): Sociedad Civil y Cooperación Intersectorial: Los retos del Entorno
- Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (2010): Sociedad civil y ciudadanía en el cambio social
- Universidad de Guanajuato (2011): Los retos de la sociedad civil en la construcción del espacio público
- Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México (2012): Democracia y Participación Ciudadana
- Universidad del Valle de México, Campus Querétaro (2013): 25 años de Investigación sobre el Tercer Sector en México: avances y prospectiva
En este último encuentro se estructuraron veinte mesas de trabajo, se presentaron 8 pósters de investigación, una conferencia y dos paneles magistrales con especialistas nacionales e internacionales.
 e institutos públicos, está encaminada a generar información, metodologías y marcos teóricos acerca de la función social que desempeña la sociedad civil organizada, la participación ciudadana y los propios movimientos sociales. En el año 2008 el evento cambia a la categoría de Congreso por contar con la participación de académicos y expertos de otros países.){kind=link}